با پايان يافتن دوره رياست جمهوري سيد محمد خاتمي و در آستانه روي کارآمدن دولت جديد، چند تن از مديران ارشد وزارت اطلاعات از سمت خود استعفا کردند.
رضا فلاح معاون بررسي وزارت، احمد محسني معاون اقتصادي، علي بشير و محمد جواد جوادي مشاوران وزير و احمدي سرپرست حوزه وزارتي استعفاي خود را چند روز پيش تسليم علي يونسي کرده اند.